1948年初，衛(wèi)立煌一回國，就被蔣介石任命為東北行轅代主任兼東北剿匪總司令部總司令，總攬東北黨政軍大權(quán)。衛(wèi)立煌到東北后，即集中兵力，固守要點。不管各地守軍如何告急，不管蔣介石如何一再電令其派兵解圍，他總是把兵力集中于沈陽、錦州、長春附近，拒不出戰(zhàn)。蔣介石對衛(wèi)立煌連日來不肯出兵，坐守沈陽的策略，十分不滿。嚴(yán)令衛(wèi)立煌只留少數(shù)兵力守沈陽，把主力部隊向南開，打通沈錦路，嚴(yán)守錦州。衛(wèi)立煌不接受蔣的命令，因此，蔣衛(wèi)之間的矛盾，越來越尖銳。

5月初，蔣介石再次電令衛(wèi)立煌打通沈錦線，將主力撤到錦州，成立機(jī)動兵團(tuán)以隨時準(zhǔn)備行動。但衛(wèi)立煌根本不同意，派趙家驤、廖耀湘代表他赴京，面蔣請示機(jī)宜。蔣聽完匯報后，對衛(wèi)立煌意見不予理睬，便下令決定：只留五十三軍和二O七師(都是原東北軍)守沈陽，其他各兵種混合在一起，編為一個機(jī)動兵團(tuán)，并指定歸廖耀湘統(tǒng)率。廖覺得機(jī)動兵團(tuán)可以擴(kuò)充個人勢力，立即表示接受。衛(wèi)立煌感到，自己已被蔣置于無權(quán)過問的地位，仍堅決反對，不予執(zhí)行。

9月12日，遼沈戰(zhàn)役首先在北寧路山海關(guān)、唐山段打響，解放軍以迅猛動作切斷北寧路，占領(lǐng)了遼西走廊，將國民黨在遼東半島的軍隊壓縮在錦州、錦西兩個孤立的據(jù)點。蔣介石見勢不妙，急飛北平親自指揮，命令衛(wèi)立煌立刻出遼西解錦州之圍。衛(wèi)立煌卻借口“沈陽只能固守以自保”而不執(zhí)行蔣的命令。24日，駐守錦州的范漢杰連電告急。同日，蔣介石急召衛(wèi)立煌到南京，迫令衛(wèi)立煌由沈陽出兵西進(jìn)錦州。衛(wèi)立煌表示沈陽兵力不足，不能西進(jìn)，要蔣就近從關(guān)內(nèi)調(diào)援軍解錦州之圍。蔣介石堅持原命，并派參謀總長顧祝同監(jiān)督衛(wèi)立煌執(zhí)行命令。衛(wèi)立煌回沈陽后，在軍事會議上仍堅持己見，多數(shù)將領(lǐng)也說只可守。無奈，顧祝同只得回南京復(fù)命。顧帶回的東北將領(lǐng)的文字匯報大意是：由沈至錦千里，背三條大河，七道小河，側(cè)敵行軍，犯兵家大忌。國共兩軍誰先過遼河誰敗。

10月3日，蔣介石親飛沈陽，撇開衛(wèi)立煌直接授命廖耀湘組織機(jī)動兵團(tuán)，以南下解錦州之圍，同時命令駐守葫蘆島的侯鏡如指揮東進(jìn)兵團(tuán)強(qiáng)攻塔山。其間，衛(wèi)立煌曾親至葫蘆島，告訴侯鏡如說：“你這個兵團(tuán)解錦州之圍，并率部與廖兵團(tuán)會師是不容易辦到的?！毙l(wèi)再三囑咐侯，要穩(wěn)扎穩(wěn)打，不要強(qiáng)行攻堅，徒作無益的犧牲。

在錦州危急之際，蔣介石命令范漢杰能守則守，不能守則退守錦西。但衛(wèi)立煌卻指示：“錦州堅守不動，一退就亂?！?4日，解放軍向錦州發(fā)起總攻，蔣介石電令范漢杰堅守一周待援。激戰(zhàn)31個小時后，國民黨守軍10萬余人被全殲，錦州解放。

10月30日，蔣介石派專機(jī)將衛(wèi)立煌接離沈陽至北平。

11月26日，蔣介石發(fā)布命令：“東北剿匪總司令衛(wèi)立煌遲疑不決，坐失戎機(jī)，致失重鎮(zhèn)，著即撤職查辦?！?2月中旬，衛(wèi)立煌攜眷屬離開北平經(jīng)上海至廣州，在廣州被國民黨特務(wù)攔阻而返回南京。

12月15日，新華社公布了43名國民黨戰(zhàn)爭罪犯名單，衛(wèi)的名字列在第28位。