稅務機關對電子商務實施檢查困難
　　1、電子商務使傳統(tǒng)的稅收稽查陷入窘境
　　在電子商務交易的條件下，隨著交易代理人、批發(fā)商、零售商的消失，產品直接提供給消費者，整個商品的選擇、訂購、支付、交付都在網(wǎng)上完成，稅務機關從代理人、批發(fā)商、零售商等課稅點課稅，變?yōu)橹苯酉蛳M者課稅。同時，企業(yè)之間的業(yè)務往來、利潤轉移也更加容易。電子商務還可以輕易改變營業(yè)地點，其流動性與隱蔽性造成稅務稽查的難度加大。
　　2、課稅憑證的電子化加大了稅收稽查的難度
　　傳統(tǒng)的稅收稽查是建立在有形的憑證、賬冊和各種報表的基礎上，通過對其有效性、真實性、邏輯性和合法性等的審核，達到管理和稽查的目的。而電子商務的各種報表和憑證，都是以電子憑證的形式出現(xiàn)和傳遞的，而且電子憑證可以輕易修改、刪除而不留痕跡和線索，無原始憑證可言，使得傳統(tǒng)的稅收管理和稽查失去了直接的憑證和信息，變得很被動。另外，隨著計算機加密技術的發(fā)展，納稅人可以用超級密碼和用戶名雙重保護來隱藏有關信息，使稅務機關收集資料很困難。
　　3、貨幣流量的不可見性增加了稅務檢查難度
　　電子貨幣和電子銀行的出現(xiàn)使紙質憑證不復存在，電子商務交易過程中，發(fā)票、賬簿等在計算機網(wǎng)絡中均可以電子形式填制，且能修改，不留任何痕跡，而且購銷雙方也可通過交易密碼掩藏交易信息，并用非記賬的電子貨幣完成付款業(yè)務。此外，在網(wǎng)上貿易中已經(jīng)開始出現(xiàn)在避稅港開設聯(lián)機銀行為交易方提供“稅收保護”的現(xiàn)象，這使得稅務機關難以獲取交易價格及款項支付信息，無法對交易人的銀行賬目進行經(jīng)常性檢查。稅務機關不僅難以掌握交易雙方的具體情況，而且無法通過對國內銀行實施經(jīng)常性檢查來監(jiān)控貨幣流量，從而喪失了貨幣監(jiān)控能力和對逃稅者的威懾力。
　　電子商務使得稅制要素難以確認
　　1、納稅人的身份難以確認
　　在電子商務條件下，無紙化的網(wǎng)上交易使稅務機關無法得知進行網(wǎng)上交易的是誰，同時，因特網(wǎng)網(wǎng)址與所有者身份并無必然聯(lián)系，無法提供有關所有者的真實信息，不易確認納稅人的位置。
　　2、征稅對象的性質和數(shù)量難以確定
　　電子商務征稅對象以信息流為主，有形商品和服務的界限變得模糊，稅務機關難以掌握交易信息以及交易金額，即便是掌握了數(shù)字化信息的內容，也難以確定交易的類別。同時，因為沒有物流，稅務機關難以掌握有關信息，導致稅收流失。如果是國外數(shù)字化商品銷售給國內，還會導致關稅的流失。
　　3、電子商務納稅義務發(fā)生時間難以認定
　　在電子商務條件下，無紙化的網(wǎng)上交易使稅務機關無法得知網(wǎng)上交易在什么時間發(fā)出商品、收到貨款，無從掌握稅收情況，無法對企業(yè)進行日?；椋愂照鞴艿逆湕l難以連接。
　　國際稅收管轄權的沖突加劇
　　1、電子商務的發(fā)展弱化了來源地稅收管轄權
　　在電子商務中，由于交易的數(shù)字化、虛擬化、隱匿化和支付方式的電子化，交易場所、產品和服務的提供和使用難以判斷，使所得來源稅收管轄權失效。外國企業(yè)利用互聯(lián)網(wǎng)在一國開展貿易活動時，常常只需裝有事先核準軟件的智能服務器便可買賣數(shù)字化產品，服務器的營業(yè)行為很難被分類和統(tǒng)計，商品被誰買賣也很難認定。加之互聯(lián)網(wǎng)的出現(xiàn)，使得服務也突破了地域的限制，因此，電子商務使得各國對于收入來源地的判斷發(fā)生了爭議。
　　2、居民（公民）稅收管轄權也受到了嚴重的沖擊
　　現(xiàn)行稅制一般都以有無“住所”、是否“管理中心”或“控制中心”作為納稅人居民身份的判定標準。然而，電子商務超越了時空的限制，促使國際貿易一體化，動搖了“住所”、“常設機構”的概念，造成了納稅主體的多元化、模糊化和邊緣化。隨著電子商務的出現(xiàn)，國際貿易的一體化以及各種先進技術手段的廣泛運用，企業(yè)的管理控制中心可能存在于任何國家。稅務機關將難以根據(jù)屬人原則對企業(yè)征收所得稅，居民稅收管轄權也形同虛設

　互聯(lián)網(wǎng)上的跨國交易加大了征管信息獲取的難度
　　國際互聯(lián)網(wǎng)潛力最大的領域之一就是跨國交易，而任意一個跨國交易人都會期望將其成本降低至與國內交易相當?shù)某潭龋鹑诜帐菨M足其愿望的必要條件。為了刺激網(wǎng)上交易的發(fā)展，某些在避稅地區(qū)開設的聯(lián)機銀行開始為互聯(lián)網(wǎng)交易提供完全的“稅收保護”。眾所周知，國內銀行是目前稅務當局最重要的信息來源，稅務機關可通過查閱銀行賬目得到納稅人的有關信息，判斷其申報的情況是否屬實。這樣就為稅收提供了一種監(jiān)督機制，對于潛在的逃稅者有一種威懾作用。如果信息源變?yōu)樵O在他國的聯(lián)機銀行，這種監(jiān)督制約機制就會大打折扣，逃避稅收也就可能成為現(xiàn)實。另外，隨著計算機加密技術的發(fā)展，納稅人可以用超級密碼和用戶雙重保護來隱藏有關信息，從而加大了稅務機關獲取信息的難度。